Para o campeonato paranaense de 1.998, o Paraná Clube manteve o técnico Márcio Araújo, sendo que nas primeiras rodadas do estadual e da Copa Sul, os técnicos Zequinha e Dionísio Filho comandaram a equipe em algumas partidas.
Para o início da temporada foram contratados alguns jogadores para reforçar o elenco, como os laterais Wilson e Dedé, o zagueiro Adílson, o meia Fernando Diniz, o meia Carlos Alberto Dias e o goleiro Régis, que voltava para a Vila Capanema.
A estréia na Copa Sul aconteceu no dia 1° de fevereiro, diante da equipe do Caxias em Caixas do Sul, e o resultado foi um empate em 1x1, com gol assinalado pelo lateral esquerdo Dedé. A primeira vitória aconteceu no dia 4 fevereiro, diante da equipe do Figueirense, na Vila Capanema pelo placar de 3x2. Na partida contra o Atlético (PR), disputada no dia 28 de março, o goleiro Régis defendeu duas penalidades máximas e ajudou a equipe a conseguir a vaga para a final da Copa Sul. Nessa edição o tricolor conquistou o vice-campeonato.
O Paraná Clube participa pela sétima vez da Copa do Brasil.
A estréia no Campeonato Paranaense aconteceu no dia 13 de março, e o Paraná Clube venceu por 4x2 a equipe do Apucarana na Vila Capanema. Carlos Alberto Dias, aos 9 minutos do primeiro tempo, fez o primeiro gol do clube no campeonato. O destaque da primeira fase foi a goleada de 6x2 na equipe do Coritiba, no clássico disputado no dia 9 de maio, no Estádio Erton Coelho Queirós. Terminada a primeira fase do campeonato o Paraná Clube ficou em primeiro lugar, com 9 vitórias, 2 empates e nenhuma derrota. Seu ataque marcou 28 gols.
A próxima fase da competição foi disputada no sistema "play-off", e o Paraná Clube eliminou o Rio Branco. Nas semi-finais, passou pela equipe do Malutrom, garantindo a vaga na finalíssima. Infelizmente, o tricolor acabou ficando com o vice-campeonato, e obteve a melhor campanha com 13 vitórias, 5 empates e apenas uma derrota. Seu ataque marcou 42 gols, e Washington foi o artilheiro da equipe, com 8 tentos anotados.
O técnico Márcio Araújo ficou apenas uma rodada no comando técnico do Paraná Clube durante o brasileiro, e para o seu lugar foi contratado Valdir Espinosa. Em sua estréia, uma vitória de 1x0, diante do Flamengo no Maracanã. Com uma campanha apenas regular, Espinosa comandou a equipe em 12 rodadas, e Abel Braga foi quem assumiu o posto até o final da competição.
Em sua sétima participação no Campeonato Brasileiro da 1ª divisão o Paraná Clube ficou em 17° lugar, conquistando 6 vitórias, 6 empates e sofrendo 9 derrotas.
Em outubro, o Paraná participa da Copa Conmenbol, e a partida de estréia na competição foi diante da equipe do Sportivo San Lorenzo do Paraguai, na Vila Capanema. Juliano, aos 42 minutos do 2° tempo marca o primeiro gol do clube na competição internacional. Na partida de volta, em Ciudad del Este, o goleiro Marcos foi expulso aos 44 minutos do 2° tempo e o centro avante Flávio foi para o gol. Em uma atuação fantástica o jogador defendeu três penalidades e garantiu a classificação para a próxima fase. Já contra os argentinos do Talleres Club, o tricolor não teve a mesma sorte, e acabou eliminado em nova decisão por pênaltis.