Para o campeonato paranaense de 1.998, o Paraná Clube manteve o técnico Cláudio Duarte no comando. A estréia aconteceu no dia 24 de janeiro e o Paraná Clube venceu por 3x1 a equipe do Franciso Bentrão. Sandro, aos 16 minutos do primeiro tempo, fez o primeiro gol do clube no campeonato. Nessa temporada a equipe do Paraná ficou em terceiro lugar, com 8 vitórias e 9 empates.
O Paraná Clube participa pela sexta vez na Copa do Brasil.
Para a disputa do campeonato brasileiro o técnico Otacílio Gonçalves volta a comandar o tricolor. E permanece até a 16ª rodada, quando cede o posto a Márcio Araújo. Em sua sexta participação no Campeonato Brasileiro da 1ª divisão o Paraná Clube ficou em 20° lugar, conquistando 7 vitórias e 3 empates.